SPRI (Solid Phase Reversible Immonilization) 固相可逆固定化是磁珠法核酸純化的基礎(chǔ)。依托這一技術(shù)，AMPure XP磁珠純化方法在NGS、核酸檢測(cè)、合成生物學(xué)等領(lǐng)域大放異彩。不只是AMPure XP，貝克曼庫(kù)爾特RNAClean XP，針對(duì)轉(zhuǎn)錄、逆轉(zhuǎn)錄、RNA和cDNA合成等體外應(yīng)用，可提供RNA和 cDNA純化方案。其利用優(yōu)化的緩沖液選擇性地將RNA或cDNA與磁珠結(jié)合。過(guò)量的寡核苷酸，核苷酸，鹽和酶可以通過(guò)簡(jiǎn)單的洗滌程序去除。RNAcleanXP卓 越的核酸回收率和純度，可直接用于下游多項(xiàng)應(yīng)用，已被超20種 RNA-seq 建庫(kù)試劑盒建議使用，超過(guò) 1000篇文獻(xiàn)引用。

RNAClean XP工作流

采用 RNAClean XP 純化三個(gè)不同起始濃度的樣品，0.5 ng/μL，1 ng/μL，5 ng/μL。純化平均回收率達(dá)到75%以上。

RNAclean XP特點(diǎn)

• 認(rèn)證的無(wú)核糖核酸酶（RNase）

• 去除鹽、過(guò)量的引物和 dNTP

• 不使用有機(jī)溶劑、真空過(guò)濾或離心步驟

• 兼容手動(dòng)和自動(dòng)化，自動(dòng)化操作友好，無(wú)離心、過(guò)濾或沉淀步驟

應(yīng)用案例

應(yīng)用1.

In Vitro Transcription體外轉(zhuǎn)錄RNA產(chǎn)物純化

CRISPR sgRNA/ crRNA制備

Peter S. Solomon等1將線性化的sgRNA質(zhì)粒作為模板進(jìn)行體外轉(zhuǎn)錄。HiScribe? T7 High Yield RNA Synthesis Kit (New England Biolabs)試劑盒37度18hr反應(yīng)合成sgRNA。隨后采用RNAClean XP磁珠純化sgRNA產(chǎn)物，Qubit定量后??20 °C保存。類似的，Pardis C. Sabeti等2同樣采用RNAClean XP純化以annealed T7 promoter oligo及DNA模板合成的crRNA產(chǎn)物。

Figure. Two-part gRNA和single gRNA結(jié)構(gòu). (From IDT官網(wǎng))

5‘RACE IVT產(chǎn)物純化

Sascha Sauer等3采用cDNA 5′末端快速擴(kuò)增與深度測(cè)序（5′ RACE-Seq）評(píng)估超出+3核苷酸的序列對(duì)T7啟動(dòng)子活性的影響。實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)+4和+8核苷酸之間的序列motif對(duì)轉(zhuǎn)錄輸出影響達(dá)五倍。而這些motifs可以作為IVT反應(yīng)優(yōu)化的指南。其中，RNAclean XP在5′ RACE-Seq和IVT 驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)中，幫助完成T7 RNA合成產(chǎn)物的純化回收。

Figure.  5′RACE-Seq研究T7啟動(dòng)子受序列影響實(shí)驗(yàn)流程

應(yīng)用2.

rRNA及DNA depletion產(chǎn)物純化

許多N6-甲基腺苷（m6A）mapping方法需要大量的RNA或僅限于培養(yǎng)的細(xì)胞。Dahl等4開(kāi)發(fā)了皮克級(jí)m6A RNA免疫沉淀和測(cè)序（picoMeRIP-seq）方法，用于單細(xì)胞和稀有細(xì)胞類型的in vivo m6A研究。在實(shí)驗(yàn)第 一步rRNA和DNA去除環(huán)節(jié)， NEBNext? rRNA Depletion Kit的工具酶處理后，研究人員采用RNAclean XP進(jìn)行post-RNA純化回收。值得注意的是，RNAclean XP也是 NEBNext? rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) 試劑盒中標(biāo)明需使用的磁珠純化試劑。

單細(xì)胞MeRIP–seq方法及分析pipeline

應(yīng)用3.

Nanopore tRNA-Seq 文庫(kù)制備

tRNA是翻譯中重要元件之一。Novoa等5開(kāi)發(fā)了Nano-tRNAseq。這是一種基于納米孔的native tRNA群體測(cè)序方法，可在單個(gè)實(shí)驗(yàn)中提供tRNA豐度和動(dòng)態(tài)修飾的定量評(píng)估。通過(guò)對(duì)納米孔raw電流強(qiáng)度信號(hào)的重新處理，回收tRNA reads增加12倍，支持準(zhǔn)確的tRNA豐度評(píng)估。Nano-tRNAseq實(shí)驗(yàn)過(guò)程中，研究人員則是采用貝克曼RNAclean XP磁珠完成5′ and 3′ splint adapter連接產(chǎn)物，逆轉(zhuǎn)錄后線性tRNA產(chǎn)物，以及ONT RMX sequencing adapter連接產(chǎn)物的純化回收。

應(yīng)用4.

單細(xì)胞RNA純化

分析single B cell的B細(xì)胞受體（BCR）對(duì)了解體液免疫反應(yīng)至關(guān)重要。Viant等6-7描述了一種測(cè)序，克隆和表征編碼BCR抗體基因的方案。作者采用該方法分析了不同小鼠B細(xì)胞群BCR的體細(xì)胞超突變，克隆和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及它們對(duì)同源抗原的親和力。實(shí)驗(yàn)中，采用貝克曼RNAclean XP磁珠完成流式分選單細(xì)胞的RNA純化回收。隨后將RNAclean XP洗脫獲得的痕量RNA用于逆轉(zhuǎn)錄和重鏈輕鏈基因PCR放大。

Figure. 分離B細(xì)胞和產(chǎn)生單克隆抗體的方案流程

自動(dòng)化加速你的

RNAclean XP實(shí)驗(yàn)

基于SPRI技術(shù)的RNAclean XP磁珠不需要離心或真空抽濾，自動(dòng)化友好。支持適配貝克曼Biomek i-series自動(dòng)化工作站，完成工作流中的RNA或cDNA純化實(shí)驗(yàn)。自動(dòng)化方法一旦編寫(xiě)、優(yōu)化成型，每一次運(yùn)行都會(huì)按照既定步驟一一完成，標(biāo)準(zhǔn)化你的實(shí)驗(yàn)流程，減少人為錯(cuò)誤，提高實(shí)驗(yàn)重現(xiàn)性。Biomek i-series自動(dòng)化系統(tǒng)可配置96通道加樣器，同時(shí)處理RNAclean XP樣品的數(shù)目可輕松突破96個(gè)樣品，甚至384個(gè)樣本。

RNAClean XP自動(dòng)化工作流及時(shí)間預(yù)估

RNAClean XP自動(dòng)化方法預(yù)覽

Biomek method launcher可將方法歸類，提示實(shí)驗(yàn)所需每種試劑、耗材的擺放指引。方法選項(xiàng)選擇器 MOS則可提供特定于樣品通量、液體體積、時(shí)間、洗滌次數(shù)等過(guò)程選項(xiàng)和工作流定制的靈活性。幫助你自動(dòng)化高通量的純化實(shí)驗(yàn)，加速研究進(jìn)程。