與傳統(tǒng)生化鑒定的鑒定方法相比，通過DNA測(cè)序?qū)ξ⑸镞M(jìn)行鑒定要更加的先進(jìn)。DNA測(cè)序不對(duì)菌種本身的特點(diǎn)依賴，任何菌種都能夠使用這種方法。與傳統(tǒng)生化鑒定的鑒定方法相比，更加的準(zhǔn)確與快速。真菌26S/28SrDNA鑒定、真菌ITS鑒定和細(xì)菌16srDNA鑒定都屬于微生物物種鑒定。通過大量實(shí)驗(yàn)優(yōu)化的通用引物對(duì)于99%以上的微生物都適用，有超過95%的鑒定成功率。理化特性和形態(tài)特征是常規(guī)的鑒定內(nèi)容。理化特性包含血清學(xué)反應(yīng)、酶反應(yīng)、各種代謝反應(yīng)、碳氮源利用能力和營(yíng)養(yǎng)類型等。形態(tài)特征包含培養(yǎng)特征以及顯微形態(tài)。

分子生物學(xué)鑒定

從遺傳進(jìn)化角度闡明微生物種群之間的分類學(xué)關(guān)系就是應(yīng)用分子生物學(xué)方法。該方法是微生物分類學(xué)研究普遍采用的鑒定方法。需要配備紫外控溫分析系統(tǒng)、凝膠成像系統(tǒng)、電泳儀、高速冷凍離心機(jī)、PCR儀等先進(jìn)儀還有TREEVIEW、CLUSTALX、BIOEDIT、DNAMAN序列分析軟件，如此，在分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室中才能夠進(jìn)行微生物菌種分類鑒定試驗(yàn)。絲狀真菌的18S rDNA/ ITS1-5.8S-ITS2序列、酵母18S rDNA/26S rDNA（D1/D2）序列以及16S rDNA/16S-23S rDNA區(qū)間序列，能夠通過核酸序列分析法對(duì)這些細(xì)菌進(jìn)行分析并且能夠得出科學(xué)的鑒定結(jié)果。

自動(dòng)鑒定

BIOLOG鑒定系統(tǒng)是把微生物對(duì)不同碳源的利用情況作為基礎(chǔ)，對(duì)測(cè)微生物的特征進(jìn)行檢測(cè)，從而使得與微生物種類相對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)得以建立。根據(jù)軟件把待測(cè)微生物和數(shù)據(jù)庫(kù)參照對(duì)比，從而得出鑒定結(jié)果。美國(guó)FDA已經(jīng)認(rèn)可該系統(tǒng)，該系統(tǒng)已經(jīng)在化妝品、臨床、生物治理、農(nóng)業(yè)微生物、海洋生物/水產(chǎn)品、制藥、環(huán)保、食品和飲品等領(lǐng)域得到了廣泛地應(yīng)用。

API細(xì)菌鑒定

有15個(gè)鑒定系列包含在API鑒定系統(tǒng)里，該系統(tǒng)大概有1000種生化反應(yīng)，已經(jīng)能夠鑒定600種以上的細(xì)菌。在鑒定過程中，能夠根據(jù)細(xì)菌所屬的類群群選擇適當(dāng)?shù)纳砩b定系列，通過軟件將待測(cè)細(xì)菌與數(shù)據(jù)庫(kù)參照對(duì)比，得出鑒定結(jié)果。乳酸桿菌（Lactobacillus sp.）和相關(guān)細(xì)菌、芽孢桿菌（Bacillus sp.）、葡萄球菌屬（Staphylococcus sp.）、微球菌屬（Micrococcus sp.）可以通過API 50CH系列、API 20 E系列、API Staph系列進(jìn)行鑒定。